[RStata][Statamarkdown] Utiliser Stata dans R

chooseStataBin()

La fonction chooseStataBin() permet de sélectionner manuellement l’emplacement du fichier Stata.exe pour l’intégrer à R. Les fonctions de stata pourront ensuite être lancée depuis R. Par contre, il faudra réutiliser la fonction et choisir manuellement le fichier à chaque nouvelle session, ce qui peut être embêtant. De plus, il faudra à chaque fois indiquer dans la fonction stata() quelle version de Stata on utilise, ce qui peut aussi être embêtant à la longue.

chooseStataBin()

.Rprofile

Une méthode plus durable est de mettre dans les options globale du .Rprofile l’emplacement du fichier Stata.exe à utiliser. Ainsi, il ne sera plus nécessaire d’utiliser la fonction chooseStataBin() à chaque nouvelle session. On peut aussi en profiter pour ajouter la version de Stata dans les options pour éviter d’avoir à le spécifier à chaque fois que nous utilisons la fonction Stata().

Le .Rprofile est un fichier Stata qui se lance au début de chaque session de R. Il permet de rentrer du code R et peut être assez pratique pour mettre en place des routines. Par exemple, charger automatiquement des packages ou des données à chaque nouvelle session de R. Le but ici sera de préciser à R de fixer dans les options globale le chemin du fichier Stata.exe et sa version.

# Ouvrir le .Rprofile méthode 1
file.edit(".Rprofile")

# Ouvrir le .Rprofile méthode 2
usethis::edit_r_profile()

Dans le .Rprofile, il faut coller le chemin pour le fichier Stata.exe et la version dans la nouvelle fenêtre “.Rprofile” de cette manière [avec mon chemin par exemple]:

Note: J’utilise Stata16 dans cet exemple

stataexe = "C:/Users/hateg/Desktop/CODE/Stata16/StataSE-64.exe"
options(RStata.StataPath = stataexe)
options(RStata.StataVersion = 16)

Il faut enregistrer le fichier et nous pouvons fermer le R profile. Une fois que c’est fait il sera peut-être nécessaire de redémarrer R la première fois seulement, mais le reste du temps on n’aura plus à se soucier de la fonction chooseStataBin(), ni de la précision de la version en utilisant la fonction stata().

Lancer une ligne de code

Pour lancer les codes dans Stata, il suffit simplement d’utiliser la fonction stata() avec le code dedans. Par exemple:

Si la version n’est pas fixée

stata(stata.version=16,"di 2+2")

## . di 2+2
## 4

Si la version est fixée

stata("di 2+2")

## . di 2+2
## 4

Comme nous pouvons le voir, fixer la version une fois est plus rapide. Pour les prochains exemples nous partons du principe que la version est fixée. Si ce n’est pas votre cas, il suffit simplement d’ajouter “stata.version=[votre version de stata en chiffre]” dans la fonction.

Lancer plusieurs lignes de code

Pour lancer plusieurs lignes de code, il suffit de lancer de retourner à la ligne:

Note: Nous utilisons “sysuse auto” pour appeler un tableau de données “auto” qui se trouve de base dans Stata.

stata("
      sysuse auto
      sum
      ")

## . 
## .       sysuse auto
## (1978 Automobile Data)
## .       sum
## 
##     Variable |        Obs        Mean    Std. Dev.       Min        Max
## -------------+---------------------------------------------------------
##         make |          0
##        price |         74    6165.257    2949.496       3291      15906
##          mpg |         74     21.2973    5.785503         12         41
##        rep78 |         69    3.405797    .9899323          1          5
##     headroom |         74    2.993243    .8459948        1.5          5
## -------------+---------------------------------------------------------
##        trunk |         74    13.75676    4.277404          5         23
##       weight |         74    3019.459    777.1936       1760       4840
##       length |         74    187.9324    22.26634        142        233
##         turn |         74    39.64865    4.399354         31         51
## displacement |         74    197.2973    91.83722         79        425
## -------------+---------------------------------------------------------
##   gear_ratio |         74    3.014865    .4562871       2.19       3.89
##      foreign |         74    .2972973    .4601885          0          1
## .

Envoyer un tableau de données de R

Pour utiliser un tableau de données de R, il suffit d’ajouter le nom du tableau dans le paramètre “data.in=” de la fonction Stata:

Note: le tableau de données cars est de base dans R et peut être utilisé à n’importe quel moment sans avoir besoin de l’invoquer avant. Les deux seules variables du tableau de données cars sont “dist” et “speed”.

stata(data.in=cars,
      "
      sum
      reg dist speed
      ")

## . 
## .       sum
## 
##     Variable |        Obs        Mean    Std. Dev.       Min        Max
## -------------+---------------------------------------------------------
##        speed |         50        15.4    5.287644          4         25
##         dist |         50       42.98    25.76938          2        120
## .       reg dist speed
## 
##       Source |       SS           df       MS      Number of obs   =        50
## -------------+----------------------------------   F(1, 48)        =     89.57
##        Model |  21185.4589         1  21185.4589   Prob > F        =    0.0000
##     Residual |  11353.5211        48  236.531689   R-squared       =    0.6511
## -------------+----------------------------------   Adj R-squared   =    0.6438
##        Total |    32538.98        49  664.060816   Root MSE        =     15.38
## 
## ------------------------------------------------------------------------------
##         dist |      Coef.   Std. Err.      t    P>|t|     [95% Conf. Interval]
## -------------+----------------------------------------------------------------
##        speed |   3.932409   .4155128     9.46   0.000     3.096964    4.767853
##        _cons |  -17.57909    6.75844    -2.60   0.012    -31.16785    -3.99034
## ------------------------------------------------------------------------------
## .

Importer un tableau de donnée de Stata

Nous pouvons importer un tableau de données de Stata:

auto <- stata("sysuse auto",data.out=TRUE)

## . sysuse auto
## (1978 Automobile Data)

head(auto)

##            make price mpg rep78 headroom trunk weight length turn displacement
## 1   AMC Concord  4099  22     3      2.5    11   2930    186   40          121
## 2     AMC Pacer  4749  17     3      3.0    11   3350    173   40          258
## 3    AMC Spirit  3799  22    NA      3.0    12   2640    168   35          121
## 4 Buick Century  4816  20     3      4.5    16   3250    196   40          196
## 5 Buick Electra  7827  15     4      4.0    20   4080    222   43          350
## 6 Buick LeSabre  5788  18     3      4.0    21   3670    218   43          231
##   gear_ratio  foreign
## 1       3.58 Domestic
## 2       2.53 Domestic
## 3       3.08 Domestic
## 4       2.93 Domestic
## 5       2.41 Domestic
## 6       2.73 Domestic

Ou envoyer un tableau et le récupérer modifié:

stata(data.in=cars,
      "gen speed2 = speed + rnorm(0,3)",
      data.out=TRUE) -> cars2

## . gen speed2 = speed + rnorm(0,3)
## unknown function rnorm()
## r(133);

head(cars2)

##   speed dist
## 1     4    2
## 2     4   10
## 3     7    4
## 4     7   22
## 5     8   16
## 6     9   10